Как отключить Real Time protection Windows Security через сmd?

Прога распаковывается по всяким темпам а их кидать в исключения не очень умно.

Создать каталог, например D:\MyTemp, добавить его в исключения.
(Можно создать его и внутри %TEMP%, т. е. %TEMP%\MyTemp, — таким образом целиком каталог %TEMP% добавлять в исключения не будет необходимости.)
Запускать следующим командным файлом:

set "TEMP=D:\MyTemp"
set "TMP=D:\MyTemp"
start "" MyApp.exe

или ярлыком

cmd /c set "TEMP=D:\MyTemp"&set "TMP=D:\MyTemp"&start "" MyApp.exe

(Скорее всего, достаточно одной из команд set, но какой именно заранее сказать не могу.)
Можно вспомогательный каталог не создавать заранее, а создавать и удалять в командном файле или ярлыке, но в этом случае не следует для запуска MyApp.exe использовать команду start (или использовать с ключом /wait), чтобы дождаться завершения перед удалением каталога.