Какой стиль программирования выбрать, чтобы не вникать спустя время в проект?

1. ООП
2. Грамотное наименование переменных, методов и классов
3. Небольшие комментарии в коде
4. Документация в джире или где-либо еще по сложным юзкейсам приложения.

Добавлю SOLID, DRY, док блоки (указание типов аргументов очень помогает), соблюдать psr код стайл или код стайл конкретного проекта/команды

Использовать фреймворк (в смысле на котором вы всегда работаете) и однородный стиль работы с конкретным слоем, чтобы не вникать, а сразу ЗНАТЬ как поправить...

Ну тут я еще может напортачил.
К примеру метод update принимает массив
Выглядит это так:

public funftion update(array $param){

}

И как выяснилось, МОЙ ЖЕ!!!! код и сохраняет и обновляет одним методом. Отличается запрос лишь тем, передаю ли я в массиве параметр id => 1 или нет. Я долго матерился конечно)

Дополню еще одним советом:
Писать самодокументируемый код, комментарии для которого не нужны. Исключением являются ситуации, когда используется сложная и/или не очевидная логика. Самодокументирование это такой подход к написанию кода, когда имена переменных говорят о том, что они в себе содержат, а имена функций и методов о том, что они делают. Код строится просто и линейно, чтобы разработчик сразу понимал, что делает та или иная часть и что именно тут содержится.

Мне обычно хватает doc-блоков, по которым по-быстрому генерится документация.
Главное не забывать писать doc-блоки =)

Читайте "Чистый код" и будет вам счастье. Это, пожалуй, библия для программиста.