Активность можно отслеживать только в текущей вкладке. Это банальные требования к безопасности и конфиденциальности браузера.
Если пользователь увел мышь за пределы окна текущей страницы, то вы никак не отследите движения и активность.
Если пользователь переключился на другую вкладку, то вы никак не отследите активность там из вашей вкладки. Нужно иметь скрипт в той вкладке. Например, браузерное расширение, которое добавляет юзерскрипт ко всем вкладкам. И даже расширение не сможет поймать мышь на элементах браузера, которые не являются частью страницы - меню, строка адреса, панель закладок и прочее.
Посмотрите Motivate Clock - это старый проект, один из первых, кто стал измерять время пользователя, потраченное на разные задачи. В какой-то момент они сделали также и расширение для браузера, чтобы там отслеживать активность. Можете у них поучиться всякому.
Ну а активность вне браузера через JS ясное дело тем более нельзя отслеживать. К сожалению разработчиков. И к спокойствию юзеров, что сайты за ними не следят. Нужно делать нативное приложение для ОС.
