Как распределять доход для сайта-агрегатора?

Суть в чем, есть ли какой-то сервис для наладки этого процесса?

не очень

Или все придется вручную программистам прописывать?

А потом еще руками отправлять каждому контрагенту будете оплаты.
Поэтому прописывать программистам особо нечего т.к. это делается в плоскости бухгалтерии и в целом особо не автоматизируется на мелких объёмах(если вы не какой-нибудь алиэкспресс и т.п.).
Программисты в лучшем случае пишут некую статистическую систему чтобы понимать сколько кому надо отправлять. Остальное - руками.

Соотношение кому и сколько вам нужно будет на своей стороне прописывать самостоятельно либо нанимать аутсорс. По платежам же решений полно. Как пример, можете использовать payin-payout.net, имеется приём платежей различными способами оплаты и выплата тоже куда угодно, на оба направления есть АПИ, которое необходимо будет к себе интегрировать и пользователи сами смогут выбирать куда они хотят получить свои средства. Плюс, при желании, можно будет переложить комиссию на них же.
Вот тут похожый вопрос решался Сервис приема платежей с массовыми выплатами для физлиц?