Мне не совсем понятна архитектура, при которой возможен вариант 1 - означает ли это, что PHP и C# оба лежат на сервере? Если имеется в виду, что вы напишете консольные команды которые будут запускаться на клиенте, то однозначно не стоит, выбирайте вариант2. Потому что судя по C#, клиентское приложение вероятнее всего ставится на Windows, а доустанавливать интерпретатор PHP вместе с клиентским приложением это сильно излишне.
Ну и помимо того, REST API это старый, добрый, проверенный метод общения, а запуск консольных команд с чтением их вывода или с побочными эффектами выглядит как костыль, он имел бы место, если это какая-то системная утилита от стороннего разработчика, которую просто использовать из терминала и сложно использовать как SDK.
Простой