Как применить второй orderBy в запросе?

Ну, двойную сортировку я ещё могу понять. Но чего вы вторым лимитом пытаетесь добиться, какой результат ожидаете? Вы реально одно и то же поле пытаетесь отсортировать сначала по убыванию, а потом по возрастанию? Какой результат вы ожидаете в таком случае?

Вообще, множественная сортировка именно так и указывается - Eloquent под капотом собирает все сортировки в массив и применяет их по очереди. Проблема у вас в том, что запрос какой-то бессмысленный.

Model::orderBy('field','desc')->take(100)->get()->sortBy('field')->take(50);

Model::orderBy('field','desc')->skip(50)->take(50)->reverse();

А по хорошему, надо сделать селект от этой выборки и уже его отсортировать

$sql = Model::orderBy('field','desc')->take(100)->toSql();

$reslut = Model::from(DB::raw("($sql) as tabes"))->orderBy('field')->take(50)->get()