Строка выдает error: from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy, почему?

Так, конечно, сложно понять в чём дело.

1. Попробуйте удалить и заново установить пакеты.
2. Возможно дело в виртуальном окружении.

Я работаю в Pycharm и у меня была точно такая же проблема, вот пару советов:
1.Проверьте какой интерпертатор python вы используете(возможно при установке библиотеки, она была установлена не через тот интерпретатор(если вы работаете в виртуальном окружении, установка библиотек должна проходить через локальный интерпретатор))
2.Попробуйте переустановить библиотеку
3. И наконец, в правом верхнем углу Pycharm поменяйте запуск конкретного файла на "Current File":