Совершенно непонятная ситуация происходит у меня с PyCharm 2017.1.5 на Ubuntu 16.04 (Подозреваю, что проблема может иметь место быть на всей линейке IDE JetBrains, поэтому поставил соответствующие теги).
После выполнения "File" -> "Invalidate Caches / Restart", pycharm решил отсканировать и проиндексировать вообще всё!.
Минут 20 длилась стадия Scanning files for Indexing, а теперь я уже полчаса наблюдаю Indexing, и я вижу, что он сканирует не только текущий проект, но и другие, которые лежат совершенно в другом месте, и содержимое моей домашней папки, никаким образом к разработке не относящееся (~/.cache, ~/.config). Файловую систему вайна индексирует. Даже видел, как он залез в "/lib/...". В общем, реально практически всё, 99% чего мне точно не надо в конкретном питон-проекте.
Ему по барабану мои настройки в "File -> Settings -> Project Structure", где я добавил в Excluded практически всё, кроме кода. А других настроек на эту тему я не нашёл совсем.
Простой
Простой
