Как ускорить выполнение команд (комплекс фильтров?)?

А разве в один проход невозможно применить сразу 3 фильтра?
Сейчас большую часть времени занимает енкодинг который выполняется аж 3 раза. Мало того что это долго, еще и доп потери идут.

vaut, ватермарку нельзя вот так

ffmpeg -i 1.mp4 -vf "setpts=PTS/5, movie=f.png [watermark]; [in] [watermark] overlay=0:0 [out], boxblur=5" 2.mp4

ругается на два входа

ImVeryStupid, это всего лишь значит, что команда написана не верно.
Я, к сожалению, не не постиг дзен по написанию сценариев для ffmpeg и не могу подсказать как нужно правильно...
Еще я бы на вашем месте больше контролировал енкодинг. Сейчас вы кодек, пресеты и битрейт оставляете на откуп внутренней логики ffmpeg'а.