Что это за файлы в папке баз данных MySQL?

Имхо разработчики системы так начудили. Для каких-то своих целей создают автосгенерированные таблицы.
Могу предположить, что так они реализовали динамический набор атрибутов у сущностей.

в некоторых версиях мускула есть, вероятно, недочет или ошибка, когда вы создаете временные таблицы и они довольно большие, они помещаются вот в такие файлы, и после завершения работы скриптов они должны вроде бы как удаляться автоматически, но не удаляются. Поэтому вам нужно найти где у вас создаются эти таблицы и после окончания работы с ними их нужно их уничтожать запросом drop.
Сейчас если вы перезапустите мускул, они пропадут сами.