Есть ли способ защитить информацию, которую выводит php файл при обращении к нему из js AJAX'ом?

Только если обфусцировать код, но это совсем не панацея, это лишь усложняет восприятие и расшифровку кода, не более. Полностью скрыть код и данные, которые обрабатываются на стороне клиента, никак не получится. Но для чего вам скрывать данные полученные AJAXом и почему они становятся конфиденциальными если вы их отдаете клиенту? Может быть вы просто не совсем правильно понимаете чего вы хотите добиться?

DanKud, нет, я все правильно понимаю, просто не хочу раскрывать детали. Но я думаю, просто немного подход изменю, и все будет ок. Но если бы был вариант как-то закрыть эту информацию, было бы просто удобнее.