Можно использовать
zpaq c созданием индекса.
Запускаете на машине куда переместили файлы - создается дедуплицированный архив, и индекс.
zpaq64.exe a ArhiveName? Path\to\files -m1 -index indexfile
Перемещаете получившийся индекс на первую машину и запускаете на ней (индекс и должен лежать в той же папке где исполняемый файл.
zpaq64.exe a ArhiveName? Path\to\files -m1 -index indexfile
получается второй том архива небольшого размера - блоки которые есть в индексе он не включает.
Копируете его на нужную машину и распаковываете ваш двухтомнй архив в нужную папку с ключиком -force чтобы перезаписывал существующие файлы.
После чего как нужно синхронизировать - делаете очередной архив на первой машине, и перемещаете его на вторую где и распаковываете. Единственный минус - необходимость хранить на второй машине архив.
Так же можно попробовать
cwRsync вроде аналог Rsync но я в винде не пробовал его, насколько удобен не знаю.
Простой
