В у меня винде %AppData%\JetBrains\PyCharm2021.3\options\jdk.table.xml в этом файле закешировалось:
name value="Python 3.8" - тут ранее установленную Anaconda закешировал
version value="Python 3.9.7" - а тут показывает правильную версию
исправил name value на Python 3.9.7 и всё корректно стало отображаться.