На вопрос невозможно дать однозначный ответ. Все перечисленные способы имеют право на жизнь в тех или иных ситуациях, но:
1) Я бы не советовал захламлять излишне таблицу user, получите огромную кашу.
2) Json я бы рекомендовал только в исключительном случае, все-таки это уход от нормальных форм.
3) Наиболее каноничным является вынесение настроек в отдельную таблицу вида user_settings(user_id, setting1, setting2, ...).
Касательно уведомлений - так как уведомления собой представляют чаще набор, то каждое отдельное уведомление вписывать в таблицу с настройками конечно можно и удобно, но не совсем по феньшую. Если пунктов уведомлений не так много, то можно их вписать прям в таблицу настроек, то есть вроде этого user_settings(user_id, setting1, setting2, ..., notification1, notification2, ...). Но этот вариант не является гибким, потому что к примеру для каждого отдельного уведомления могут в дальнейшем потребовать настройки(например приоритет уведомления). Поэтому наиболее правильным будет завести одну таблицу для настроек профиля как указано выше, а вторую таблицу для уведомлений вида user_notifications(user_id, notification_id, notification_name, priority, ...). Так все будет очень гибко и будет соответсвовать нормальным формам.
