Какой дистр линукса лучше заюзать для виртуалки с целью использования меньшего места на диске?

41 гиг чегойто дофига.

почистить хубунту от лишних прог, там всякого добра по Recommends Suggests ставится дофига.
дальше зависит от того насколько ты хочешь порезать систему, устанавливаешь ncdu или что подобное гуевое и смотришь что занимает место в системе.

и не забудь потом выполнить в системе
dd if=/dev/zero of=/tmp/zerofile; rm /tmp/zerofile
т.е. забить свободное место нулями. а потом, выключив виртулаку выполнить в хосте
VBoxManage modifyhd <файл>.vdi --compact
чтобы забитые нулями пространства удалить из файла динамического образа.
иначе все твои ковыряния со свободкой будут коту под хвост

посмотрите что внутри обнулите сожмите и будет маленькое. у меня никогда 41 гиг не вырастало - 10 ... 16 диапазон. а если начинать от vanilla то 2...4г (xfce, java, eclispe , katalon:

C:\Users\Serguei\VirtualBox VMs\Selenium Fluxbox Trusty

1:04 PM     2,520,186,880 box-disk1.vmdk

 Directory of E:\Data\Virtual Machines

02/04/2019  04:09 PM     4,120,313,856 Selenium Fluxbox Trusty Katalon.vmdk

ESXI

Цель добиться полностью готовой к работе виртуальной машины размером гигов 15-20

proxmox - построен на debian.
Непонятно только, что у вас там жрет 41 гиг. Как вариант диск виртуальной машины ?