Как сделать регулярное копирование файла с windows на linux?

Такой вопрос, если вирус зашифрует файлы в рабочем каталоге, то и резервная копия скопирует все изменения?

Zzzz9, разумеется. А в таком случае помогут "предыдущие версии" (или другие названия).

поддакну Ezhyg :) у меня примерно сделано:
файлики связаны через синхфинг между компом и ноутбуком + псевдосервером из старого компутера под линухой без монитора и клавы.
на сервере настроен версионный бекап. никаких лишних действий на сервере не произвожу, вероятность попадание на сервер сторонних программ исчезающе мала.
если на комп или ноутбук попадет шифратор и начнет шифровать файлики. то ресилио начнет распространять изменения файликов по подключенным устройствам.
это нормальная ситуация, кроме случая шифрации файлов.
но на сервере ресилио обязательно сделает копию любого измененного/удаленного файлика. т.е. на сервере будет "основной" каталог с шифрованными файликами и набор старых нешифрованных версий в каталоге бекапа. откуда их всегда можно выковырять.