В каком формате хранить значения nanoseconds?

не подойдёт. У timestamp в postgresql точность микросекундная.

тогда, если уж удалось получить такую точность вижу варианты:
1) хвост после запятой в bigint,
2) хвост всё что выше микросекунд - в инт
3) полностью число в numeric

зависит от объема данных и необходимой скорости последующего вытаскивания

1210mk2 Покажите пожалуйста, как в Carbon наносекунды получить, буду благодарен, я не нашел

kaxa3201, карбон только форматирует. в нём самом ничего нет.