При пользовании платежной системой на сайте ООО должно проходить валютный контроль, если будут оплаты из-за рубежа или в валюте?

Скорее зарубежный и в рублях, так как платежная система будет конвертировать автоматом с валюты на рубли, и потом перечислять платеж. Ведь так?

так делает Пейпал, да

но вообще можно из зарубежного банка - в основном Кипр, но американские тоже, отправить рубли на рублевый счет , конская комиссия конвертации (4-6%), но иногда другого способа нет - такие отношения обычно у родиельской компании, филиала и т.п.

dimonchik2013, спасибо. То есть насколько я понимаю, валютный контроль везде, где платежи из-за рубежа и в валюте. А если в рублях, то можно не заморачиваться и принимать.

если в рублях, то заморочек нет.
можно вообще на сайте магазина замутить нужную для вас валюту с конвертацией в рубли при расчете на мерчанте платежки. Получится некий недокостыль - но порой других легких путей нет.