Как спроектировать крупное приложение на vue?

Хорошо бы знать, что у вас за проект и какие задачи он решает.

на выходе мы получим огромный бандл из всех модулей

- это почему же так?
А webpack для чего придумали? vue cli 3 вроде как из коробки вместе в webpack уже умеет всё разделять на модули, ну и вам самим никто не мешает сделать полностью модульную структуру так, как вам хочется, вручную настроив сборку проекта.

Для большей наглядности, как пример, можно разобрать приложение CRM, где одним нужна только страница выгрузки отчетов, а вторым, скажем, аналитика продаж.

Есть ещё nuxt.js в котором сделано ещё больше для модульности, там модули все загружаются тогда, когда они реально нужны. Т.е. у вас 10 страниц, у каждой своя логика, на пол мегабайта. При заходе на сайт, логика 10 страниц не будет загружена, а лишь тогда, когда вы зайдёте на страницу. Ну и опять же, никто не мешает и там добавить своих правил для webpack, если что-то не устроит. Следовательно, если определённому типу менеджеров нужна лишь определённая часть сайта, то зайдя на нужную ему страницу он загрузит логику этой страницы, но не десятка других.

А верстать всё это вы как собираетесь?
А раз это мини сайты в одном большом сайте, как вы собираетесь делать общие стили и компоненты?

То есть, для каждого модуля свои vuex, router

- ну а кто мешает вам на файлики разбить хранилище и роутер?

У vuex есть свойство modules - куда и импортируем модуль хранилища
У Router по сути тоже самое https://stackoverflow.com/questions/46590760/vue-j... вот статья для примера.

Ну и всё же, даже если всё вот так разделить, где целиком отдельные spa друг от друга, а как вы связывать их собираетесь 1 целое?
Типа написали плагин и что, теперь его во все 10 разных модулей подключать?
Типа, есть шапка, одна на весь сайт, создал компонент, что, тоже ходить и в каждый подключать?

Ну, так должно же быть у них что-то общее между собой, делающее всё это единым сервисом.
Как бы да, есть яндекс, который сумел создать единый UI для своих проектов, но и проекты у него никак не связаны между собой, а если и связаны, то не сайты друг с другом, а как бы общая база яндекса связана с проектами.
Как я понял, в вашем примере, модули - это яндекс музыка, карты, новости и т.п. Зачем всё это объединять в 1 проект? ИМХО Если я так понял, то нужно не просто отдельные модули делать, а отдельные сайты.

К сожалению, я слабо понимаю, что у вас там за ВАСЯ иентерпрайз, что бы в целом посидеть и подумать + я так и не услышал в вашем вопросе доводов архитектуры ваших коллег.

Я писал и так и эдак. Проблемы всегда есть, разные конечно. ИМХО, с микросервисами чуть проще, т.к. изоляция модулей и их взаимодействие продумывать обязательно надо. А так, крупное, значит по-любому тяжело поддерживать, из-за большого потока требований. Я бы начал с монолита, и если подвернется удобный модуль, вынес бы его в отдельный сервис.

Коллеги не понимают что переписать просто не выйдет. Ui kit и обвязку для работы с api как минимум для каждого фреймворка с нуля придется делать, собсно это обычно самое трудозатратное, а остальное в большинстве случаев тупо рутинная лепка системы из этих кирпичиков. Они просто думают, что другой фреймфорк это типа другая орм и роутер, а прочее плюс минус одинаковое и мол все что нужно будет сделать, это заменить вызовы в репозитори.

Микросервисы на фронте плохо работают в сложной системы, проблемы прозрачной склейки при переходе, проблемы включения кусков другого сервиса(аналитикам и пользователям пофиг что это другая система). Конкретно у вуе с монолитом другая проблема, когда он становится реально большим, то начинаются проблемы с hot-reload и сборкой, все это начинает занимать здоровенное количество времени, в рантайме просадок по производительности заметных нет.

Из своего опыта могу сказать что начинать надо с монолита, когда будет ясно что система из себя представляет, то можно начинать выносить ui-kit/абстракции для работы с api и т.п. вещи. Проблема включения левого кода решается с помощью обычных гитовских сабмодулей. То есть для заказчика 1, репо с сабмодулями 1/2, для заказчика 2, репо с сабмодулями 1/3, то ест разбитие есть только на уровне гита, а фактически это монолит. Да, там немало геммороя, но работать будет. Если поставляются собранные файлы, то все еще проще, можно во время сборки заменять файл роутера и стора, и попадет в итоговую сборку только то что требуется.