Можно ли брать код python скрипта из SQL базы?

Да, можно. У меня есть код, который с помощью ast-трансформаций на лету метапрограммирует другой код, специализированный под конкретную задачу, компилирует и байткод сохраняет в какое-либо хранилище - кэш в памяти, файловая система или БД.

1. Централизованное хранение

и? На фс также централизованное хранение

2. Возможность менять из веб-приложения

не требуется, вредна, простиворечит здравому смыслу

3. Скорость и простота внесения изменений

не требуется.
В данном подходе
Скорость внесение изменений уменьшается на порядки
Сложность - увеличивается експоненциально

ФС уже является СУБД
В итоге получаете следующие проблемы
- нет контроля версий
- нет деплоя
- нет миграций
- нет понятной и простой процедуры обновления кода
- непоянтно как затесалась субд от мс в данный стек
- непонятно как затесался фласк

Такие штуки любят делать для корпораций разные потому, как после 1 дня разработки код превращается в набор просто дичайших костылей, и единственный способ дописать функционал выбросить систему вцелом

Выглядит как бред, пока не узнаешь что есть такая тема как Serverless) только реализация не такая. Хранить все-равно надо на диске, просто деплоймень происходит иным образом. А что касается базы так там можно хранить историю. Но вообще покажите вашему заказчику AWS lambda - пусть порадуется)

По очевидным причинам скрипты нужно держать в системе контроля версий. Автоматизация деплоя прикручивается достаточно просто (вариантов реализации масса).

хочет хранить скрипты в базе MSSQL,

идея очень правильная, но с одним исправлением - хранить надо в source code repository with version control. Или коротко - Git (GitHub, GitLab, Bitbucket, ...)