Есть некоторые варианты.
Я делал для личных нужд набор утилит для сборки Node.js приложений с основными возможностями:
1) Возможность обфускации кода (с массой разных настроек).
2) Возможность обфускации строковых литералов (становится очень сложно просто взять и подправить блокнотиком строку).
3) Возможность "компиляции" исходников в байткод для V8.
4) Умеет расставлять своеобразные "ловушки" для стандартного дебагера. (при попытке запустить приложение под дебагером - оно просто завершит свою работу).
5) Возможность собрать все Node.js приложение в один единственный исполняемый файл, который просто можно закинуть на сервер и запустить. (здесь есть некоторые ограничения).
6) Ну и разная мелочь типа вырезания всех комментариев, очистка node_modules от лишнего мусора и прочее.
Комбинируя эти механизмы можно получить неплохой результат.
Так как инструмент пока не в открытом доступе (еще не все сделано, что хотел), я могу на безвозмездной основе предложить автору (ну или другим желающим) помочь сделать относительно защищенный билд приложения.
(контакты для связи в профиле).
Если кто-то желает проверить эффективность такой сборки, то могу предоставить тестовый билд Node.js приложения, чтобы проверить, легко ли его модифицировать или достать из него исходники.
UPD:
Добавил билды тестового приложения, которое просто выводит некоторую информацию о системе в консоль:
MacOS -
https://vk.com/doc195981398_514491540Linux -
https://vk.com/doc195981398_514491370 
Простой
