Как настроить двухфакторную авторизацию VPN (mpd5)?

Сам по себе mpd5 не умеет ничего такого. Но для авторизации он умеет обращаться к RADIUS серверу. А через RADIUS (к примеру freeradius) можно настроить все что хочешь. Можно, к примеру, гугловый totp. Но с СМС, как на большинстве сайтов, вероятно, не получится. Там нет возможности что-то дозапросить у юзера, если только при первой авторизации отправить СМС и юзера не пустить, а потом ждать следующую авторизацию и в качестве пароля пароль из СМС.