Существует ли простое решение такой задачи?

Думаю, существует. А что?

По сабжу:
Создайте функцию-фильтр и сделайте обход вашего массива с дополнительной проверкой

массив в памяти или в БД? если в БД, то можно использовать функцию MIN() для выборки записей с минимальным номером склада
если же массив в памяти, то можно сначала его отсортировать по значениям (номер склада) sort(), а затем обойти его циклом for, оставляя только самые минимальные номера складов и удаляя лишние с помощью unset()

В общем всё понятно.
Все манипуляции делайте в реляционной базе данных.
Если вам нужно что-то посчитать, сравнить, хранить.

В конце концов, вам же нужно хранить эти данные.
И по-хорошему из можно вообще не доставать из базы.