Можно как-то вставить preloader в embed?

Думаю, что надо использовать асинхронность и проверять в фоновом режиме загрузился ли PDF на 100%, если нет, то показывать прелоадер.
Но может есть и более подходящие варианты.

Слово "embed" что значит в заголовке?

По остальному - https://learn.javascript.ru/xhr-onprogress, https://ru.stackoverflow.com/questions/716592

Если речь о том, чтоб прелоадер запихнуть в приложение, которое автоматически открывает pdf например в хроме, то тут вариант только один - использовать другое приложение (extension) в котором такое будет реализовано. Ну или писать свое, форк там какой-нибудь сделать.

Никита Полевой, embed