Для этого в уравнении есть коэффициенты a и b, которые задают смещение центра окружности относительно начала координат. Таким образом, какая бы ни была система отсчета, можно подобрать правильные коэффициенты, и найти точку окончания окружности по формуле.
Координаты вы получите сразу в той системе отсчета, которую выбрали. Если это начало canvas, то так тому и быть.
