Как встроить WebGL в нужный канвас?

Никак, KGL библиотекой это не предусмотрено

Можно попробовать сделать форк и опубликовать для себя (в git или npm), если повезет, но pull request автор примет быстро.

Или попробовать хитрый трюк - перед инициализацией Kgl подменить document.body, но это может что-то сломать

var origBody = document.body;
document.body = yourTargetParent;
const webgl = new Kgl...
document.body = origBody;