Как настроить резервное копирование на ftp сервер?

У меня пару папок синхронизируется с помощью WinCSP + шедуллер на винде.

Ну да.
Смотря, чем копируете. Если встроенными средствами, то попробуйте подключить FTP, как сетевой диск и копировать туда.
Если сторонней программой, то многие из них умеют это из коробки.
Если думаете, чем копировать, то есть бесплатный Veaam Backup.

Если средствами системы, то я, обычно, использую Планировщик заданий и архиватор 7z.
Создается батник следующего содержания:
C:\PROGRA~1\7-Zip\7z.exe a Backup.7z -pПАРОЛЬ -r D:\папка_с_файлами\* -wD:\bcp -mx9 -ms -mmt

ftp 192.168.1.11
user Логин
Пароль
lcd D:\bcp
cd папка_с_бекапами
mput *.7z
yes
bye