Если делать проект на Symfony и Vue.js, то где рекомендуется хранить фронтент?

1) Бекенд-симфони. Вообще ничего не делает для фронта.
2) Отдельный проект на Фронт (Vue)
3) Обмен идет по ресту, верификация через токены (которые генерятся фронтом и верифицируются беком).

Обычно фронт лежит на основном домене, а бек сидит на чем-то api.domain.com

Один из подходящих вариантов предложен в документации к Symfony: https://symfony.com/doc/current/frontend/encore/vu... - опробовано на реальном проекте. Всё остальное по вашему вопросу также делается как и в обычных Симфони проектах, без каких-либо особенностей.

А почему не хостить spa отдельно?
Тем более, фронты любят свои хитрые сборки мутить..