Как удалить папку с закомиченым гит репозиторием?

Скорее всего папка была создана под рутом, так что удалять через
sudo rm -rf ~/Desktop/Projects/Html/repository (ну или где она там у вас находится)

А вообще вам стоит почитать про линукс в целом, как устроена файловая система и как настраиваются права, будет проще понять, в чем проблема.

Pavel Zamyatin, никакого эффекта, и при чём здесь линукс, если на винде папки с закомиченым гит репозиторием тоже не удаляются?

Pavel Zamyatin, всё получилось, спасибо