Как вызывать функцию по времени которое указано в базе?

пользователь - пользователь программы?

если пользователь программы то, т.к. у всех время разное... то , имхо, пишется одна задача - процедура, которая будет запускаться с минимальным тиком (квантом времени, например каждую минуту или каждые 5 минут), считывать из таблицы задачу(и) на текущий "тик" времени и выполнять их, отмечать задачу - выполнено, в случае успешного выполнения.

можно конечно заморочиться и под каждую пользовательскую задачу создавать Job.

Как вариант создать таблицу в которой будет ид задачи и время для задачи и вытягивать последние 100 задач сортируя их по времени, запоминать в какойто кеш эти задачи и дальше уже работать с ними.
Я бы советовал написать какойто сервис для этого

возможно это поможет Мега-Учебник Flask, Часть XXII: Фоновые задачи