Некоторое прикладное ПО (Например, игры) проверяют существование устройства ввода.
(Не совсем правильно так говорить: если вы отправляете SendInput событие, то оно помечается флагом LLMHF_INJECTED, по которому можно понять, что устройства не существует).
Как мне кажется, самым простым способом обойти такое поведение - использование COM-COM петли: к одной подключаться и слать движения и нажатия, второй должен прикинуться мышью.
Где взять драйвер COM мыши (xp, vista, 8.1) и где прочитать про обмен данными между COM-мышью и компьютером (чтоб симулировать это на питоне)?