Как лучше распределить ОС и файлы на разделах одного диска?

Зависит от размера диска.
Зависит от того, как часто вы переустанавливаете ОС.

Я стараюсь отделить различные данные от ОС и установленных программ, это позволяет мне достаточно быстро грохнуть весь диск C со всеми программами и переустановить его заново, не теряя важных файлов - при этом я практически уверен, что на диске С, за пределами c:\users\myuser нет никаких данных, которые для меня критичны, и мне нужно сохранить только эту папку. Все остальное важное - на других дисках.

В случае небольшого размера диска (SSD 256-512 gb), нет смысла делить на два диска, ибо можно не угадать с размером на каких-то 20-30 гб, и потом кусать локти, что надо что-то двигать.

Как лучше распределить ОС и файлы на разделах одного диска?

Как удобнее.
На скорость работы и производительность это никак не влияет.

Или лучше поставить все на один раздел?

Особого смысла во втором разделе нет. Если он вам нужен для каких-то конкретных задач - можно сделать.