Почему поисковики выставляют неверные ссылки на сайт?

Мы полностью обновили сайта, раньше он был на joomla, теперь самописный, но столкнулись с проблемой неверной выдачи ссылок в описании и ссылок не на главную страницу. Направляет он, почти верно, но не совсем. При обращении все запросы отправляются на index.php, дальше летят в зависимости от url по классам и никакого обращение к index.php там и не пахнет (как и .html, которое поисковики так же добавляют).
Получается, у меня есть, например, такая ссылка:
example.com/page1/page2
Гугл делает ссылку вот такой:
example.com/index.php/page1/page2.html
Понятно дело, выдает 404. Что с этим делать?