Периодическая нагрузка на сервер, как отследить и заблокировать при необходимости?

Что то уж пики слишком идут через подозрительно равные интервалы. Как по cron'у обращения к сайту, либо парсер чей-то.
Можно начать проверять логи вебсервера, с группировкой по IP адресу кол-во запросов в интервале времени, например 10 минут.

strace, tcpdump+wireshark, логами кормить elk для начала.

iotop -oka и смотри во время загрузки

Бери Python, пиши парсер и лови ip адреса которые несут в себе либо нагрузку либо по интервалу появления в сети. Я конечно не про сервер мастер, но когда-то таким способам решал мой более опытный друг. Возможно те кто разбираются будут кидаться тапками, но я дал наводку примерно.