Как посчитать все RFID в небольшом помещении?

Метка считывается с очень маленького расстояния. Соответсвенно, только через какую-то рамку надо вести учет.

Rfid бывает разной частоты. Есть rfid для складов. Частота 960 Mhz, читает на расстоянии до 10 метров. Метки стоят ~15 р. оборудования для считывания: ридер + 4 антенны ~150 000 р.
Тут смотря какая задача, если посчитать посетителей, можно решить задачу с помощью комп. зрения - поставить камеру под потолок и посчитать сколько людей в кадре.

Какая точность подсчета нужна?

Карта-RFID, по своей сути, чип с беспроводным магнитным питанием (то, чем сейчас заряжают смартфоны). А теперь вспомни на каком расстоянии заряжают смартфоны.

Как вариант - считать "овец" сторонним софтом и то, надо чтобы вход и выход был со считывателем и посетители не ходили толпой в открытые двери.