"Постоянные ссылки" удаляет htaccess?

WordPress удаляет ТОЛЬКО правила, которые он создал для работы красивых постоянных ссылок (ЧПУ).

Ваши правила, что вы руками добавили он не трогает, главное не всталвять их между # BEGIN WordPress и # END WordPress.

Дефолтный блок правил от ядра выглядит так:

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress