Будет ли учитываться страницы с пагинацией роботом?

Да.
И страницы пагинации, и контент, и еще куча всего может попасть в индекс.

Если у вас сайт на какой-либо популярной цмс - то вы можете загуглить, что именно нужно прописать в robots.txt, чтобы этого избежать.