Как сделать срабатывание JS раз в сутки?

Поставь себе библиотеку js-cookie и выставляй куки с временем жизни - сутки, когда юзер закрыл всплывающий блок. Примерно вот так:

jQuery(document).ready(function($) {  
$(window).scroll(function(){
    if (Cookies.get('hideDialog') === undefined) {
        if  ($(window).scrollTop() > 400)
            $('#banner').animate({'top':'0px'},500);
        else
            $('#banner').stop(true).animate({'top':'-260px'},500);       
        });
    }
    $('#banner .close').bind('click',function(){
        Cookies.set('hideDialog', '1', { expires: 1 });
        $(this).parent().remove();  
    });
});

Запоминать в localStorage дату и время последнего вызова, и вызывать только в случае, если сутки с последнего вызова уже прошли или вызова никогда не было.