Как пользоваться директорией sudoers.d centOS 6?

#includedir /etc/sudoers.d

В конце /etc/sudoers допишите. А туда уже кидайте файлики с sudo-правилами в обычном формате.
Комментарии в sudoers - "# чтототам". Пробел важен, если его нет - оно воспринимается как часть конфигурации.

В версиях sudo, в которых есть поддержка sudoers.d, должен валяться файлик /etc/sudoers.d/README (по крайней мере, в убунтах его кладут).