Как вы собираетесь с markdown решать такие задачи, как расположение изображений на странице; сносок; написание формул; правильная нумерация формул, изображений, вставок кода; подсчёт этих формул, изображений, вставок кода; оформление титульного листа; работа с библиографией; соответствие оформления ГОСТам и другим стандартам, в конце концов?
Фактически, выбирая markdown, вы нагружаете себя дополнительной работой по решению всех вышеперечисленных проблем, в то время как большая их часть уже давно решена теми, кто использует LaTeX.
В конце концов, если в вашем дипломе предполагается очень простое форматирование, то можно попробовать писать основной текст в markdown, а потом конвертировать его в LaTeX, но грабли всё равно будут.
Так что, лучше потратить 2-3 вечера на знакомство с полезным инструментом :)
