Как читать большие исходники, анализировать большие системы?

Начинаю с этого:

Наверное, тут помогает хорошая архитектурная абстракция проекта. Большие листинги становятся маленькими или, по крайней мере, разбиваются на логические сущности. Пока проект строится - пишутся просто заглушки, затем эти заглушки реализуются. Но в любом случае, самая важная, глобальная архитектура должна обдумываться заранее, чтобы потом не приходилось держать в голове весь проект =)
Как правило, запиливая отдельный модуль, глобальную архитектуру по отношению к нему можно изображать достаточно схематично, а в рамках этого некоего модуля всё в мозгу должно помещаться с необходимой точностью.

Большую систему нельзя изучить быстро, прочитали один раз, второй, третий, на десятый вы уже не забываете что было в начале.

IDE очень помогает, раньше использовал eclipse, теперь открыл для себя NetBeans и он мне больше понравился. Там есть навигация по коду (по порядку описаны методы исходника). Часто использую этот функционал - как шпаргалка. Ну и конечно же хорошие комментарии в коде очень помогают навести порядок в голове

Вы такие не поверите, но самый удобный способ лично для меня - это Sublime Text 2(3) с его фееричными Cmd+P (быстро шариться по проекту), Cmd+R (быстро шариться по коду) и Cmd+T (быстро шариться по вкладкам).

А так вообще да, выделять паттерны, строить диаграммы, собирать совещания и вообще вести себя подобающим образом.