Как рассчитать зарплату веб-разботчика и сисадмина?

Какой хитрожопый директор.

Вам не нужно соглашаться на муторные схемы частичной оплаты, т.к. соблюдаться они будут только на бумаге, ведь если сломается принтер, то вы все равно пойдете его ремонтировать, даже если время на "администрирование" уже было потрачено.

Просто просите прибавку которую считаете адекватной и работайте дальше. В любом случае содержать вас ему будет дешевле чем отдельно сисадмина и программиста.

У вас просто хитрожопый директор.
Он вами закрывает две позиции в штатном расписании. Раз идет на разговоры о повышении зарплаты, то понимает, что работу вы свою делаете.
Про дедлайн написали хорошо. Остальное - от лукавого.

Думаю, вы усложняете систему подсчета, пытаясь распределить администрирование и программирование в процентном соотношении.

Договоритесь о фиксированной сумме за сисадминство в месяц. Что же касается программинга, то просто записывайте все, что вы делаете за месяц, и сколько времени на это уходит. В конце месяца садитесь с директором, смотрите этот список и договаривайтесь о сумме за выполненный объем работы по программированию.

В этом случае нет смысла сильно цепляться за потраченное время. Оно будет выступать в качестве ориентира. Для директора главное - результат, и он сможет видеть его (список выполенных задач). Ваша мотивация тоже будет в порядке, так как бОльшее кол-во задач и потреченного времени будут обеспечивать вам более внушительный заработок.

Если у Вас всегда есть работа (когда не админите - программируете), то зачем вообще все эти заморочки? Ваше время как специалиста не может стоить разных денег в зависимости от задачи. Фикс оплата за месяц работы, всего делов. О переработках можете договариваться отдельно уже.

Во-первых, пересмотрите ваш взгляд на админство. Админ работает хорошо, когда он пьёт пиво и гамает в дьяблу, а не носится целый день взмыленный. Так что тут как минимум 50/50. И ваш директор должен понимать, что долгосрочная надёжная работа существующего функционала важнее фич при нестабильном качестве (радость от новой фичи длится недолго, а вот огорчение от ошибки гораздо дольше, есть и исследования на эту тему). Ну и чтобы шеф тоже был доволен можно ввести штраф за простой или недоступность основных или второстепенных функций.
Поддержку пользователей тоже нужно разделить. Потому что ошибка сетевой карты и отравление мозга перекисью водорода в виде "я ничего не понимаю и понимать не хочу" - это разные вещи. Поэтому ошибки включаются в админство, а "пользовательские обращения" и "пользовательские обращения с обучением" оплачиваются по факту фиксировано + каждые полчаса дополнительно, потому что вместо консультирования тупых куриц ты мог бы писать свистелки. Заодно и директор будет знать, кто вместо работы не может попасть в одноклассники или не желает выполнять свою работу, перекладывая её на тебя.
Ну а по поводу программирования соглашусь с идеей дедлайнов. Согласуете объём работ из расчёта 1/2 рабочего дня на программирование и стоимость доработки. В каком месяце сделал, в таком и получил стоимость доработки за срыв сроков - штраф. Соответственно премии за укладывание в срок как таковой нет, но чем больше времени ты тратишь, тем больше дополнений запрограммируешь, тем больше получишь в итоге.
Вот как-то так выглядит схема "и нашим и вашим" в моём представлении.