Как осуществлять удаление категории в интернет-магазине?

Согласен с тем, что товар удалять нелогично. Переместив его в архив я получу, как минимум, возможность обработать последний заказ с этим товаром. За этот момент спасибо.
Для заказчика вопрос изменения товара (цена/наличие) довольно щепетильный ибо хотят на выходе получить максимально отзывчивую для клиентов систему. Момент усугубляется тем, что модель у магазина не совсем обычная - клиент формирует список товаров и получает их регулярно (несколько раз в месяц). Уточнение деталей доставки происходит за день до нее и передо мной стоит задача сделать процесс уведомления максимально автоматизированным чтобы возникало меньше трений на почве распространенных претензий в стиле "я заказал, а в наличии нет", "цена изменилась, а я не знал". При этом у заказчика проекта перед доставкой есть достаточное время чтобы среагировать на изменения в цене/ассортименте и для глобальных изменений требующих сложной логики я планировал использовать что-нибудь вроде mapReduse.

Я думаю вам стоит почитать про DDD. К разработке нужно ставить на первое место не непосредственно реализацию и архитектуру, а бизнес логику. То есть нужно сесть и обсудить все эти моменты с клиентом. Можно так же BDD подключить, написать feature-спеки, заодно получите хоть какое-то покрытие кода тестами (хотя это не отменяет необходимости писать юнит/функциональные тесты). Но зато при написании оных (можно и на русском писать) можно четко описать все функции, сходу находить недостатки в подходах и т.д.

По поводу вашей проблемы, удаляете раздел, всем клиентам подписанным на товар приходит уведомление (а еще лучше сделать что бы товары были доступны еще какое-то время, или просто за ранее предупреждать клиентов).

Спасибо за ответы. А за DDD отдельное спасибо - займусь в ближайшее время.