Какую СУБД лучше выбрать для Node.js и есть ли разница?

Выбирайте БД под задачу, а не под платформу. Какие данные вы хотите там хранить? Объем данных? Вы будете больше читать? Или писать? Или комбинированная нагрузка? Насколько критично терять данные? (кэш) Какая скорость взаимодействия требуется? Вы готовы ждать? (админка) или надо быстро (пользователям)?

Всё же платформу тоже нужно учитывать: если node.js, то я взял бы монгу. Javascript обьекты и nosql базы можно сказать братья) Работать с ними будет очень удобно. Я бы даже предложил взять очень классный модуль для сериализации обьектов в монгу:ClassJS. Смотрите как просто создаются модели для Ajax транспорта и MongoDB драйвера gist

Если же нужно очень много взаимосвязей между таблицами, то в nosql базах это будет сложно настроить. Лучше выбрать тогда MySQL.