несколько разделов на флешке

Идешь в свойства моего компьютера. Закладка «оборудование». Диспетчер устройств. Находишь там свой флешку. На ней правой кнопкой — Свойства. Закладка «Сведения», в выпадающем списке ищешь «Код экземпляра устройства»
Затем идешь сюда и вводишь в поле VID то, что в сведениях об устройстве у тебя идет после «PCI/VEN_»(там 4 циферки), потом в поле PID пишешь то, что в сведениях после «DEV_»(тоже 4 циферки). Жмакаешь «Найти».
Получаешь список флешек. Ищешь свою. Находишь, в самом правом столбце будет название утилиты, которая могет работать с твоим чипом. Ну и она по идее сможет это сделать.
Для меня это был AlcorMP. Если у тебя то же самое, то могу подсказать как конкретно сделать то, что тебе нужно.
upd: у тебя не та. Если терпишь до завтра, то могу попробовать завтра твою поковырять.

Ставите кнопикс (это самый быстрый и безболезненный способ поставить линукс без никакого влияния на систему), далее из линукса делаете fdisk, и уже в самой проге будут инструкции по созданию разделов.
После этого создаёте партиции:
sudo mkfs.vfat -F 32 -n MY_VFAT /dev/sdd1
sudo mkfs.ext3 -L MY_EXT3 /dev/sdd2
Пример делает два раздела, виндовый или линуксовый.

очень зависит от модели флешки. инструкций в гугле полно: раз, два

какая модель флешки?

Тогда, я так думаю, вам подойдет и вариант с эмуляцией этого самого съемного диска.
Софтинка, которая помогает это сделать довольно проста в управлении. Пробуйте.