Ваши поддомены - это отдельные папки (виртуальных хостов), так?
Допустим, файлы движка у вас лежат в
/var/www/host1/core/, а конфиги сайта (подключение к БД и прочее) в
/var/www/host1/config
Перекладываем код движка куда-нибудь в
/var/www/my_engine_core/ и создаем
символьные ссылки
Если мне
не изменяет память, должно быть что-то вроде
ln -s -T /var/www/my_engine_core/ /var/www/host1/core/
ln -s -T /var/www/my_engine_core/ /var/www/host2/core/
etc
Ну конечно еще надо права доступа правильно настроить, владельцев папок и так далее.
