Какими инструментами пользоваться для описания сложных алгоритмов?

Мне достался сложный проект, в алгоритме которого есть много мелочей и нюансов. В голове все держать очень трудно, некоторые вещи забываются, а новые изменения могут логический конфликтовать с текущим функционалом.
В чем лучше отобразить схематический алгоритм работы приложения (в моем случае сайта)?

Чтобы потом, глядя на эту схему, было понятно, как работает сайт, и чтобы легко можно было обсуждать детали
с заказчиком. Я в данный момент пытаюсь сделать это в картах ума и программе для создания прототипа Axure.
Или лучше делать все ручкой на бумаге? Как вы решаете данную проблему?