2. Почему бы локально тоже не использовать build/script.js? Можно же отключить минимизацию или даже использовать Javascript Source Maps. Имхо, самое правильно решение.
3. Обычно в репозитории хранят только исходники, а собирают уже на сервере. jquery и прочие сторонние библиотеки тоже не должны лежать в вашем репозитории.