Подключать файл с 60-100 переменными и вызовами prepare() "в каждом месте проекта где должны выполнятся запросы" и надеяться, что это не будет есть ресурсы... А что дальше? Идеальный мир с единорогами и радугой?
Не будут ли они тратить ресурсы сервера?
Будут, причём неоправданно много.
Все же хотелось подробнее. В какой момент тратятся ресурсы и на что?
Ты собираешься подключать файл, в котором будет 60-100 вызовов PDO::prepare() - на это будет расходоваться время, не зависимо от того будет вызов execute() или нет; также будет создано 60-100 переменных с объектами PDOStatement - на это будет расходоваться память. Не понятно, с чего вообще могло возникнуть такое предположение, что ресурсы тратиться не будут.
Нельзя просто так взять сделать сотню вызовов методов, создать сотню переменных и не потратить время и память. 
