правильная цепочка в вашем случае такова: чистый пхп -> фреймворк -> цмс -> магаз, можно без звена цмс. чистый пхп -> магаз - это будет такой магаз, который в один не столь отдаленный момент станет невозможно дорабатывать. писать фреймворк это целая жизнь, пока напишете, забудете про магаз, а заодно изучите популярные фв, поэтому написание фреймворка можно сократить. чистый пхп -> цмс - тема еще более гиблая, чем что либо на чистом пхп. цмс должна делаться поверх слоя, в котором уже решены более низкоуровневые задачи, и само по себе создание цмс может оказаться сложнее и нетривиальнее чем создание фв, вылезет куча разнообразных аспектов и тонкостей, о которых заранее не подозреваешь. в общем написание цмс можно тоже сократить. остается перебрать и изучить все что есть готовое из обозримого и что-то выбрать. ну либо пройти путь самурая с многократными переписываниями мегабайтов кода и других мытарств и так и не вспомнить про какой-то там магазин, либо просто сделать очередную неповижную говняшку на пхп
